ネットワーク可視化ツール「Cytoscape」に雑に入門して手っ取り早く使う話

さてさて、とつぜんですが系統図とかネットワーク図を書く必要に迫られたことってありませんか？

僕はありました。

今日はそんなときに無料（！）で使える超つよいツール「Cytoscape（サイトスケープ）」に雑に入門して、お絵描きソフト感覚で手っ取り早く使う方法を紹介しようと思います。

※この記事は、僕みたいに伝統的な日本企業で働く「Python？、R？なにそれ食べられるの？」「データベース？エクセルの表のことでしょ？」ってレベルの人向けに書いています。

このソフト、巷には研究者向け（？）の情報ばかりで、専門的なデータ整形ツールで元データを準備する前提だったり、生物科学っぽい用語が頻出してチンプンカンプンだったりして使い始めるのに苦労したので、ここではExcelでカジュアルにデータを手作りしてなるべく雑に入門する方法を記します。

雑に入門したあとは、Cytoscapeチュートリアル日本語訳という超ありがたいページがあるので、ここを熟読するとよいでしょう。

図解！ネットワーク図作成のながれ

こんな流れを解説していきます。

公式サイトからインストーラーをダウンロードしてインストールしましょう、見やすいサイトなので迷わずできると思います。

「分子間相互作用と遺伝子発現プロファイルを統合して可視化」とか言われてもサッパリですよね。

もう少し庶民的で小規模なサンプルということで、きっとみんな知っている国民的SFアニメの人物相関を使って解説してみようと思います。

リンク

では、頭よりも手を動かす方向で、さっそくサンプルデータを作っていきましょう。

ネットワーク図を描くのに必要な最低限のデータはこの３つです。

今回つくるのは人物相関なので、ノードの名前には人名が入り、エッジは人物同士の関係を表します。

エッジの名前はかぶらなければOKなので、入力していった順に連番を付けていきましょう。

Excelで作る場合は「エッジ名の列」「Fromノード名の列」「Toノード名の列」の順で並べると扱いやすいと思います。

おもむろにExcelを開き、人間関係を思い出しつつ片っ端から入力していきます。

※今回はお手軽さ重視で、From～Toの方向性は考えません。

え〜っと、ドラえもんはのび太の居候、のび太はしずかちゃんのことが好き、ジャイアンはのび太に対してマウントを取る...

そうして入力したものがこちらです、整理しやすいように関係の列も追加してみました。